Batman Arkham City é o sucessor do célebre Batman Arkham Asylum. Em vez de concentrar a experiência de jogo dentro dos muros do clássico asilo de super-vilões, Arkham City toma como palco uma ampla área de Gotham City. Após tomar para si todo o crédito pela derrota do Coringa no primeiro jogo, o diretor de Arkham, Quincy Sharp, resolveu elevar a novos patamares os seus planos para a recuperação dos piores criminosos de Gotham. Para tanto, o megalômano diretor comprou toda a parte pobre da cidade, a fim de transformar toda a área em um gigantesco hospício.

Dessa forma, é transportada para a recém-criada Arkham City uma imensa quantidade de criminosos, sendo que o único mandamento é: não tentem escapar; risível, naturalmente. Para fiscalizar o novo município, Sharp vai atrás de Hugo Strange, psiquiatra maníaco e também um dos primeiros vilões do Homem-Morcego — e que parece ter seus próprios planos para o futuro do local.